You are 4274977 visitor.
Currently 6 users online.


Sequence & secondary structure in dot-bracket notation
       
 PDB id   NDB id  Strands     Number of models     Functional class     Experimental method     Resolution [Å]     PDB deposition
1KD1 RR0047 A, B1RIBOSOMEX-Ray Difraction32001-11-12


model 1
>strand_A
UUGGCUACuAUGCCAGCUGGUGGAUUGCUCGGCUCAGGCGCUGAUGAAGGACGUGCCAAGCUGCGAUAAGCCAUGGGGAGCCGCACGGAGGCGAAGAACCAUGGAUUUCCGAAUGAGAAUCUCUCUaACAAUUGCUUCGCGCAAUGAGGAACCCCGAGAACUGAAACAUCUCAGUAUCGGGAGGAACAGAAAACGCAAUGUGAUGUCGUUAGUAACCGCGAGUGAACGCGAUACAGCCCAAACCGAAGCCCUCACGGGCAAUGUGGUGUCAGGGCUACCUCUCAUCAGCCGACCGUCUCGACGAAGUCUCUUGGAACAGAGCGUGAUACAGGGUGACAACCCCGUACUCGAGACCAGUACGACGUGCGGUAGUGCCAGAGUAGCGGGGGUUGGAUAUCCCUCGCGAAUAACGCAGGCAUCGACUGCGAAGGCUAAACACAACCUGAGACCGAUAGUGAACAAGUAGUGUGAACGAACGCUGCAAAGUACCCUCAGAAGGGAGGCGAAAUAGAGCAUGAAAUCAGUUGGCGAUCGAGCGACAGGGCAUACAAGGUCCCUCGACGAAUGACCGACGCGCGAGCGUCCAGUAAGACUCACGGGAAGCCGAUGUUCUGUCGUACGUUUUGAAAAACGAGCCAGGGAGUGUGUCUGCAUGGCAAGUCUAACCGGAGUAUCCGGGGAGGCACAGGGAAACCGACAUGGCCGCAGGGCUUUgCCCGAGGGCCGCCGUCUUCAAGGGCGGGGAGCCAUGUGGACACGACCCGAAUCCGGACGAUCUACGCAUGGACAAGAUGAAGCGUGCCGAAAGGCACGUGGAAGUCUGUUAGAGUUGGUGUCCUACAAUACCCUCUCGUGAUCUAUGUGUAGGGGUGAAAGGCCCAUCGAGUCCGGCAACAGCUGGUUCCAAUCGAAACAUGUCGAAGCAUGACCUCCGCCGAGGUAGUCUGUGAGGUAGAGCGACCGAUUGGUGUGUCCGCCUCCGAGAGGAGUCGGCACAcCUGUCAAACUCCAAACUUACAGACGCCGUUUGACGCGGGGAUUCCGGUGCGCGGGGUAAGCCUGUGUACCAGGAGGGGAACAACCCAGAGAUAGGUUAAGGUCCCCAAGUGUGGAUUAAGUGUAAUCCUCUGAAGGUGGUCUCGAGCCCUAGACAGCCGGGAGGUGAGCUUAGAAGCAGCUACCCUCUAAGAAAAGCGUAACAGCUUACCGGCCGAGGUUUGAGGCGCCCAAAAUGAUCGGGACUCAAAUCCACCACCGAGACCUGUCCGUACCACUCAUACUGGUAAUCGAGUAGAUUGGCGCUCUAAUUGGAUGGAAGUAGGGGUGAAAACUCCUAUGGACCGAUUAGUGACGAAAAUCCUGGCCAUAGUAGCAGCGAUAGUCGGGUGAGAACCCCGACGGCCUAAUGGAUAAGGGUUCCUCAGCACUGCUGAUCAGCUGAGGGUUAGCCGGUCCUAAGUCAUACCGCAACUCGACUAUGACGAAAUGGGAAACGGGUUAAUAUUCCCGUGCCACUAUGCAGUGAAAGUUGACGCCCUGGGGUCGAUCACGCUGGGCAUuCGCCCAGUCGAACCGUCCAACUCCGUGGAAGCCGUAAUGGCAGGAAGCGGACGAACGGCGGCAUAGGGAAACGUGAUUCAACCUGGGGCCCAUGAAAAGACGAGCAUAGUGUCCGUACCGAGAACCGACACAGGUGUCCAUGGCGGCGAAAGCCAAGGCCUGUCGGGAGCAACCAACGUUAGGGAAUUCGGCAAGUUAGUCCCGUACCUUCGGAAGAAGGGAUGCCUGCUCCGGAACGGAGCAGGUCGCAGUGACUCGGAAGCUCGGACUGUCUAGUAACAACAUAGGUGACCGCAAAUCCGCAAGGACUCGUACGGUCACUGAAUCCUGCCCAGUGCAGGUAUCUGAACACCUCGUACAAGAGGACGAAGGACCUGUCAACGGCGGGGGUAACUAUGACCCuCUUAAGGUAGCGUAGUACCUUGCCGCAUCAGUAGCGGCUUGCAUGAAUGGAUUAACCAGAGCUUCACUGUCCCAACGUUGGGCCCGGUGAACUGUACAUUCCAGUGCGGAGUCUGGAGACACCCAGGGGGAAGCGAAGACCCUAUGGAGCUUUACUGCAGGCUGUCGCUGAGACGUGGUCGCCGAUGUGCAGCAUAGGUAGGAGACACUACACAGGUACCCGCGCUAGCGGGCCACCGAGUCAACAGUGAAAUACUACCCGUCGGUGACUGCgACUCUCACUCCGGGAGGAGGACACCGAUAGCCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUACGCGCUCGAAAAGAUAUCGAGCGCGCCCUAUGGCUAUCUCAGCCGGGACAGAgACCCGGCGAAGAGUGCAAGAGCAAAAGAUAGCUUGACAGUGUUCUUCCCAACGAGGAACGCUGACGCGAAAGCGUGGUCUAGCGAACCAAUUAGCCUGCUUGAUGCGGGCAAUUGAUGACAGAAAAGCUACCCUAGGGAUAACAGAGUCGUCACUCGCAAGAGCACAUAUCGACCGAGUGGCUUGCUACCUCGAUGUCGGUUCCCUCCAUCCUGCCCGUGCAGAAGCGGGCAAGGGUGAGGUUGUUCGCCUAUUAAAGGAGGUCGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUCGGCUGCUAUCUACUGGGUGUGUAAUgGUGUCUGACAAGAACGACCGUAUAGUACGAGAGGAACUACGGUUGGUGGCCACUGGUGUACCGGUUGUUCGAGAGAGCACGUGCCGGGUAGCCACGCCACACGGGGUAAGAGCUGAACGCAUCUAAGCUCGAAACCCACUUGGAAAAGAGACACCGCCGAGGUCCCGCGUACAAGACGCGGUCGAUAGACUCGGGGUGUGCGCGUCGAGGUAACGAGACGUUAAGCCCACGAGCACUAACAGACCAAAGCCAUCAU
--------...(((((((((.....(((..((((((((.(((......((((((.[[..[[.))).....((((((...(((]]..]].)))......))))))...)))....(((...)))(--.)..(((((.....))))).))...((((((.....(...[..)......))))).).........((.....))...(((((.....((.]...))....)))))...((((...((..(((((....))))....))).....((((((((......(..(.....(((((((....({((((......)))))[[(...).(((....}]])))....)))))))......)..)...)))))).)).)....(((((((........)))))))......(((((.[[[[[[)))))..)))......)..)))))).))...............((....))....))......(...(((.....))).............)).....)))))))))......(.((((((((((....((((((..((....(....(((((....))))).....)...))..))))..)).)))))))))).<.(((........))).((((((....(((((((((((((..(((...((((.....))))...)))...((....))..(..((((...((((..-))))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))..((.(...((((((.....((((((((((.((((...(((((((....)))))))...).)))....(((..((.((........)))).)))..).))))))))).(.(((.....)))...)..))))))......).))..((((((....(((((....)))))..((((((...(((.(((((((((...(((.....((..((.----------------------------))..))...)).)...)))))))))))).......)))))).....((((((((((.....))))))))))....(((......)))...(((((((...((([[[...(.((((((.....((...........(((.((((((((((.......(((((.(((..(((.........)))..)))........(((......)))..)))))...)))))))))))))..........]]]))....))))))))))...)))))))(((((((.......)))))..))....))))))(.(.((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).)..).....))))))((.....((.......((((((.......))))))((((....((((..((..(((((((...((.....)).))))))....[[(((.((...((((((.((.....))..)))))).....))...(((((........)))))]]((((((((.......(((...((((((((...((((((((((((..-{{.))))))(...(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))....)(....)))))))...))))))))(...)....)))..)))))))).))).))).....((......)).))))..(((.......)))..))))...((((.....((((((((.((..(....(.......(((((....(.[..).....)))))(((((((((.....)))))))))(...).......(((((((((...((.........))...(((((((.....(((....))).......))))))).].(((.(((..(((((((..(((.....((((......)))).....))))))))..)))))((...------------))........((..........(((((.......)))))..)..)....)))....)).))))))).)..))).)))))))).))))))....)))[[..(((((.....>]])))))..(((((((..(((.((.......(((.((((((..(((((.((((((((..(((----------------------------------------------------------------------------------------------------..)))...((((....)))).....))))))))..)))))..(((......[)).)((((((..........]))))))([((...(((((((.(.((((((-----..))))))...).((][.[[[))....)))))))...(((((((((.........))))))))).(((....))).))]]].].....(((((.(((((.]]]]]]))))))))))....).....))))..)))))........((((.((((((((...((.......))...)))))))..)))).).......(((((.((((((..(((((((((......))))))..)))..((((.....))))......)))))..)...))).))....(((((((....))).))))....))..))).)))))))....--((((((...((((..((((((((.....(....)....))))))))(((((...((((...((((((((((}}..)))))...))))).[.)))).)))))..(((....((((.............))))....))).)))).......)))))).....((((.((((.......)))).....(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...))))]))))..)))...))))..---------
>strand_B
uUAGGCGGCCACAGCGGUGGGGUUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCCACCAGCGUUCCGGGGAGUACUGGAGUGCGCGAGCCUCUGGGAAACCCGGUUCGCCGCCACC
...((((((....((((((((......((((((...(.....)...))))..))....)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...))))))...