You are 4274988 visitor.
Currently 11 users online.


Sequence & secondary structure in dot-bracket notation
       
 PDB id   NDB id  Strands     Number of models     Functional class     Experimental method     Resolution [Å]     PDB deposition
3IZW A, B, D, E1RIBOSOMEElectron Microscopy2011-01-07

model 1
>strand_A
aAAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGuGCCAGCAGCCgCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUgcAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGgCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCGUcACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGuAACAAGGUAACCGUAGGgGaaCCUGCGGUUGGAUCACCUCCUUA
........((((..[.[[[..)))).((((.(((((..(((((((((....(((.(((..(((..((.((..((((((((((....))))))).)))))..)))))......(((......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))....(((((....(....)..))))).)))))))..)).)))))))(((....(((..(((((((.........))))))))))......)))..((((.(((....)))....))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((....((((....))))..)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(....((((((((.......)))))))).....)....))))).......((((([[[...(((((.....((.]]])).......))))))))))..)))))))))..........((([[...(.((((.....(.(.(((((.((((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..))))))).)..(((((((((...((((((((...((((((((...((........))......))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..)).....))))....((((((...((...(((...........)))...))))))))......{...(((((...(((((((((((.......)))))))))))...((..]]))......))))))))).(((......((((....))))....)))...]]].](((((.(((((((.((..(((((..(((((((.((......((........))..........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))..(.(((...(((((..(....(((((((((....)))..((((......))))..))))))......(((.(((((.(...((..(((.....)))))....).)))))..(...((((.....))))......)..)))......)...)))...)).)))).....)))))))...))..))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....)..)..))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(.((.(.((((..((...(((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...)))))))))))...))..))))..).))...)..)..(((((((((....)))))))))}.............
>strand_B
gCCCGGAuAGCUCAGuCGGuAGAGCAGGGGAuUGAAaAuCCCCGUguCCUUGGuuCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA
(((((((..((((........)))).((((...[[[...)))).......(((.......)))..)))))))....
>strand_D
AUUAUGUUUUUUUUUUGAUUUGCC
.........{{{]]].........
>strand_E
gCCCGGAuAGCUCAGuCGGuAGAGCAGGGGAuUGAAaAuCCCCGUguCCUUGGuuCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA
(((((((..((((........)))).((((...}}}...)))).....(((((.......))))))))))))....