You are 4274980 visitor.
Currently 6 users online.


Sequence & secondary structure in dot-bracket notation
       
 PDB id   NDB id  Strands     Number of models     Functional class     Experimental method     Resolution [Å]     PDB deposition
3J5L 5, 7, A, B1RIBOSOME/ANTIBIOTICElectron Microscopy6.62013-10-23


model 1
>strand_5
ca
[.
>strand_7
cCA
<<.
>strand_A
GGUUAAGCGACUAAGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGUGUGUUUCGACACACUAUCAUUAACUGAAUCCAUAGGUUAAUGAGGCGAACCGGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCCGAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCCCAGUAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCUGAAUCAGUGUGUGUGUUAGUGGAAGCGUCUGGAAAGGCGCGCGAUACAGGGUGACAGCCCCGUACACAAAAAUGCACAUGCUGUGAGCUCGAUGAGUAGGGCGGGACACGUGGUAUCCUGUCUGAAUAUGGGGGGACCAUCCUCCAAGGCUAAAUACUCCUGACUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGCGAAAAGAACCCCGGCGAGGGGAGUGAAAAAGAACCUGAAACCGUGUACGUACAAGCAGUGGGAGCACGCUUAGGCGUGUGACUGCGUACCUUUUGUAUAAUGGGUCAGCGACUUAUAUUCUGUAGCAAGGUUAACCGAAUAGGGGAGCCGAAGGGAAACCGAGUCUUAACUGGGCGUUAAGUUGCAGGGUAUAGACCCGAAACCCGGUGAUCUAGCCAUGGGCAGGUUGAAGGUUGGGUAACACUAACUGGAGGACCGAACCGACUAAUGUUGAAAAAUUAGCGGAUGACUUGUGGCUGGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACCGGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAGCUAUUUAGGUAGCGCCUCGUGAAUUCAUCUCCGGGGGUAGAGCACUGUUUCGGCAAGGGGGUCAUCCCGACUUACCAACCCGAUGCAAACUGCGAAUACCGGAGAAUGUUAUCACGGGAGACACACGGCGGGUGCUAACGUCCGUCGUGAAGAGGGAAACAACCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCAAAGUCAUGGUUAAGUGGGAAACGAUGUGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUCGGCCUGCGCGGAAGAUGUAACGGGGCUAAACCAUGCACCGAAGCUGCGGCAGCGACGCUUAUGCGUUGUUGGGUAGGGGAGCGUUCUGUAAGCCUGCGAAGGUGUGCUGUGAGGCAUGCUGGAGGUAUCAGAAGUGCGAAUGCUGACAUAAGUAACGAUAAAGCGGGUGAAAAGCCCGCUCGCCGGAAGACCAAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGAGUCGACCCCUAAGGCGAGGCCGAAAGGCGUAGUCGAUGGGAAACAGGUUAAUAUUCCUGUACUUGGUGUUACUGCGAAGGGGGGACGGAGAAGGCUAUGUUGGCCGGGCGACGGUUGUCCCGGUUUAAGCGUGUAGGCUGGUUUUCCAGGCAAAUCCGGAAAAUCAAGGCUGAGGCGUGAUGACGAGGCACUACGGUGCUGAAGCAACAAAUGCCCUGCUUCCAGGAAAAGCCUCUAAGCAUCAGGUAACAUCAAAUCGUACCCCAAACCGACACAGGUGGUCAGGUAGAGAAUACCAAGGCGCUUGAGAGAACUCGGGUGAAGGAACUAGGCAAAAUGGUGCCGUAACUUCGGGAGAAGGCACGCUGAUAUGUAGGUGAGGUCCCUCGCGGAUGGAGCUGAAAUCAGUCGAAGAUACCAGCUGGCUGCAACUGUUUAUUAAAAACACAGCACUGUGCAAACACGAAAGUGGACGUAUACGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGCGUAAUGAUGGCCAGGCUGUCUCCACCCGAGACUCAGUGAAAUUGAACUCGCUGUGAAGAUGCAGUGUACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGUGAACCUUUACUAUAGCUUGACACUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAACGUUGACCCGUAAUCCGGGUUGCGGACAGUGUCUGGUGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCUCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGAGCACGAAGGUUGGCUAAUCCUGGUCGGACAUCAGGAGGUUAGUGCAAUGGCAUAAGCCAGCUUGACUGCGAGCGUGACGGCGCGAGCAGGUGCGAAAGCAGGUCAUAGUGAUCCGGUGGUUCUGAAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGGUACUCCGGGGAUAACAGGCUGAUACCGCCCAAGAGUUCAUAUCGACGGCGGUGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCACAUCCUGGGGCUGAAGUAGGUCCCAAGGGUAUGGCUGUUCGCCAUUUAAAGUGGUACGCGAGCUGGGUUUAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCUGCCGUGGGCGCUGGAGAACUGAGGGGGGCUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGGACGCAUCACUGGUGUUCGGGUUGUCAUGCCAAUGGCACUGCCCGGUAGCUAAAUGCGGAAGAGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCACGAAACUUGCCCCGAGAUGAGUUCUCCCUGACCCUUUAAGGGUCCUGAAGGAACGUUGAAGACGACGACGUUGAUAGGCCGGGUGUGUAAGCGCAGCGAUGCGUUGAGCUAACCGGUACUAAUGAACCGUGAGGCUUAACCUU
((((((-(......((((((((((.....(((..(((((((((((((......((((((.[..[[[.))).....((((((...(((]]]..].))).......))))))...)))....(((....)))(((((((....))))))).(((((((((.........))))))))).))...((((((.........[.........))))).).........((....))...(((((.....((.]...))....)))))...((((.((((......(.(((((((((((.(((....((((......)))).[[(...).(((.....]])))...)))...))))))))))).)...))))...)....((((((((..[......))))))))......(((((].[[[[)))))..)))......)).))))))).))...............((....))....))......(..((((.....))))............)).....)))))))))).....(.((((..(((((......)))))..)))).[.(.(........).).((((((....(((((((((((((..(((...((.....))...)))...((....))..((((.....)))).....)))))))))))))..((.(...((((((.....((((((((((.((((...((((((......))))))...).)))...(((.(((((.......A))))))))..).))))))))).(.(((.....)))...)..))))))......).))..((((((....(((((....))))).((((((((..((((((((((.(...(((...(((.((((...((.((..------.))..))...)))).)))..)).)...).)))))).)))..)))))))).)...((((((((((......))))))))))....(((......)))...((((.(((...((([[[...(.((((((.....(.....((..(((((...((.....{.(((((.(((....(.........)....))).....(..((........))).)))))...))...))))).))...........]]].)...))))))))))...)))))))((((((..........))))))....))))))(.(((((...(((......((((((((....))))))))...)))..)))))..).....))))))(......((.....((((((.......))))))((((....((((..((..(((((((...((.....)).))))))....[[(((.(((...(((...(((....)))...)))...)))..(((((........)))))]]((((((((((.((...((((....((((..(((..((((((((((((...{{{.).))))))((..((((...((..((((.(((.(.......)))).))))....))..[))))...))(..(((((....)))))...))))))...)))...))))(..).....))))...)).....)))))))))).))).))).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((....((((((((.((..(....(.......(((((....(.{..).....)))))((((((.....(((...(((((..)]))))...)))...))))))(...).......(((((((((...((.........))...(((((((.....(((....))).......))))))).}((((.(((..(((((((..(((........(((((..(......)...)))))........))))))))..)))))(((((.........)))))........((..........((((((.....))))))..)..)....))))...)).))))))).)..))).)))))))).)))))).....)).{..(((((.....]}.)))))..((((((((.(((.((......((((.((((((..(((((.(((.(((((.(((((((((((..(((..----------------------...(.(((..........))).)..---------------------..)))..)))))))))))...(((.((((((.....)))))))))....))))).)))..)))))..(((..>>..[)))((((((..........]))))))([((...(((((((...((((((.......)))))).....((][.[[[))....)))))))...((((..((((..{.))))..)))).(((....))).))]]].].....(((((((.((..]]]]..))))))))).....)}......))))..))))))......(((((.((((((((...((.......))...)))))))..)))).).)......((((.((((((..(((((((((......))))))..))).(((((.]...))))).....)))))..)...))).).....(((((((....))).))))..a.))..)))))))))))[...(((((((...((((..(((((((.....(....)....))))))).(((((...((((...(((((((((((}}}.))))))..)))))...)))).)))))...(((....((((.....}.......))))....))).))))..]....)))))))(.((((((..).)))))(....((..(((((.......)))))....((((((((..((....(((((....)))))...))...))))).))).....))..).)).)))))).-
>strand_B
GCCUGGCGGCCGUAGCGCGGUGGUCCCACCUGACCCCAUGCCGAACUCAGAAGUGAAACGCCGUAGCGCCGAUGGUAGUGUGGGGUCUCCCCAUGCGAGAGUAGGGAACUGCCAGGCA
(((((-(((.....((((((((....(((((((...(.....)...))))..)))...)))))).)).((.......((((((((...)))))))).......))...))).))))).