You are 4034969 visitor.
Currently 15 users online.


Sequence & secondary structure in dot-bracket notation
       
 PDB id   NDB id  Strands     Number of models     Functional class     Experimental method     Resolution [Å]     PDB deposition
3FIH A, Y, W, X, V1RIBOSOMEElectron Microscopy6.72008-12-11


model 1
>strand_A
UGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCA
....((((..[.[[[..)))).((((.(((((..(((((((((....(((.(((..(((..((.((..(((((((((((..)))))))).)))))..)))))......(((......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))....(.((((..((....)))))).).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....)))).))))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))...(.(((((...(...(((((((.(.......))).)))).)...)....)))))....)..((((([[[...(((((.....((.]]])).......))))))))))..)))))))))..........((([[...(.((((...(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))..(((((((((...((((((((...((((((((...((........))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))......{...((((((..((((((((((((.....))))))))))))...((..]])).....)))))))))).(((......((((....))))....)))...]]].](((((.(((((((.((..(((((..((((((((((......((........))..........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))).((.(((...((((((.(....(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..(..(((((.....))))).....)..)))).....).).)))...)).)))))....)))))))..[)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....)..)..))))).....(((((((.....]...)))))))......))...)))))))))).))..(.(...(.(.((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..).)....)..)..(((((((((....)))))))))}.....
>strand_Y
gCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA
(((((((..((((.....{..)))).((((...[[[...)))).....(((((..}....))))))))))))....
>strand_W
gCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA
(((((((..((.(........).))..(((.........)))......((.((.......)).)))))))))....
>strand_X
aAAAAUGUUCA
.....{{]]].
>strand_V
CGCGGGGUGGAGCAGCCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGuUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA
.(.((((..((((.........)))).(((((..}}...))))).....(((((.......))))))))).).....