You are 4035017 visitor.
Currently 12 users online.


Sequence & secondary structure in dot-bracket notation
       
 PDB id   NDB id  Strands     Number of models     Functional class     Experimental method     Resolution [Å]     PDB deposition
3IZ9 A, C, B1RIBOSOMEElectron Microscopy5.52010-10-04


model 1
>strand_A
GCGCGACCCCAGGUCAGGCGGGACUACCGCUGAGUUUAAGCAUAUAAAUAAGCGGAGGAGAAGAAACUUACAAGGAUUCCCCUAGUAACGGCGAGCGAACCGGGAGCAGCCCAGCUUGUCGGGCGGCUGUGCCGUCCGAGAGGCGUCCUCAGCGACGGACCGGGCCCAAGUCCCCUGGAAAGGGGCGCCUGGGAGGGUGAGAGCCCCGUCCGGCCCGGACCCUGUCGCCCCACGAGGCGCCGUCAACGAGUCGGGUUGUUUGGGAAUGCAGCCCAAAUCGGGCGGUAGACUCCGUCCAAGGCUAAAUACAGGCGAGAGACCGAUAGCGAACAAGUACCGCGAGGGAAAGAUGAAAAGGACUUUGAAAAGAGAGUCAAAGAGUGCUUGAAAUUGCCGGGAGGGAAGCGGAUGGGGGCCGGCGCGCCCCGGCCGUAUGCGGAACGGCUCUUGCUGGUCCGCCGCUCGGCUCGGGGCGUUGUUGUCGGCCGCGCCGGCGGCCAAAGCCCGGGGGCUCCGCGCCCCCGGCAGCCGUCGUCGGCACGGCCGGGCGCGCCGAAAGGCGUGCCCCUCGGGGCACUGCGCCAACGGGCUCCCCAUCCGACCCGUCUUGAAACACGGACCAAGGAGUCUGACAUGCGUGCGAGUCGACGGGUUCUGAAACCUGGGAUGCGCAAGGAAGCUGACGAGCGGGAGGCCCUCACGGGCCGCACCGCUGGCCGACCCUGAUCUUCUGUGAAGGGUUCGAGUUGGAGCACGCCUGUCGGGACCCGAAAGAUGGUGAACUAUGCCUGAGCGGGGCGAAGCCAGAGGAAACUCUGGUGGAGGCUCGAAGCGAUACUGACGUGCAAAUCGUUCGUCUGACUUGGGUAUAGGGGCGAAAGACUAAUCGAACCAUCUAGUAGCUGGUUCCCUCCGAAGUUUCCCUCAGGAUAGCUGGAGCCCCGAGUUCUAUCAGGUAAAGCCAAUGAUUAGAGGCAUUGGGGACGUCCUCGACCUAUUCUCAAACUUUAAAUAGGUAGGGGCGCGGCUGCUUCGGUGAGCCGUGCCAUCGGGUGCUCCAAGUGGGCCAUUUUUGGUAAGCAGAACUGGCGAUGCGGGAUGAACCGGAAGCCGGGUUACGGUGCCCAACUGCGCGCUAACCUAGAACCCACAAAGGGUGUUGGUCGAUUAAGACAGCAGGACGGUGGUCAUGGAAGUCGAAAUCCGCUAAGGAGUGUGUAACAACUCACCUGCCGAAUCAACUAGCCCCGAAAAUGGAUGGCGCUGAAGCGCGCGACCCACACCCGGCCAUCUGGGCGCCCCGAUGAGUAGGAGGGCGCGGCGGCCGAUGCAAAACCCGGGGCGCGAGCCCGGGCGGAGCGGCCGUCGGUGCAGAUCUUGGUGGUAGUAGCAAAUAUUCAAAUGAGAACUUUGAAGGCCGAAGAGGAGAAAGGUUCCAUGUGAACGGCACUUGCACAUGGGUAAGCCGAUCCUAAGGGAAGGGGUAACCCCGGCGCGAUCACGCGCAUCCCCGAAAGGGAAUCGGGUUAAGAUUUCCCGAGCCGGGAUGUGGCGGUUGACGGCGACGUGAAGUCCGGAGACGCCGGCGGGgGCCUCGGGAAGAGUUAUCUUUUCUGCUUAACGGCCUGCCAACCCUGGAAACGGUUCAGCCGGAGGUAGGGUCCAGUGGCCGGAAGAGCACACGUCGCGCGGUGUCCGGUGCGCCCCCGGCGGCCCAUGAAAAUCCGGAGGACCGAGUACCGUuCACGCCCGGUCGUACUCAUAACCGCAUCAGGUCUCCAAGGUGAACAGCCUCUGGCCAAUGGAACAAUGUAGGCAAGGGAAGUCGGCAAAACGGAUCCGUAACUUCGGGAAAAGGAUUGGCUCUGAGGACUGGGCUCGGGGGUCCCGGCCCCGAACCCGUCGGCUGUCGGCGGAUUGCUCGAGCUGCUCACGCGGCGAGAGCGGGUCGCCGCGUGCCGGCCGGGGGACGGACCGGGAGCCCCUUCGGGGGCUCCCCGAGCACAGUCGACUCAGAACUGGUACGGACAAGGGGAAUCCGACUGUUUAAUUAAAACAAAGCAUUGCGAUGGUCCUCGCGGAUGCUGACGCAAUGUGUgAUUUCUGCCCAGUGCUCUGAAUGUCAAAGUGAAGAAAUUCAACCAAGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACGCGCAUGAAUGAAUGGAUUAACGAGAUUCCCACUGUCCCUGUCUACUAUCCAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCUUGGCGGAAUCAGCGGGGAAAGAAGACCCUGUUGAGCUUGACUCUAGUCCGACUUUGUGAAAUGACUUGAGAGGUGUAGGAUAAGUGGGAGCCCUCACGGGCGCAAGUGAAAUACCACUACUUUUAACGUUAUUUUACUUAUUCCGCGGAAGCGGGGCAUGCCCCUCCUUUUGGCUCCAAGGCCCGGUCUUACCGGGCCGAUCCGCGGAAGACAUUGUCAGGUGGGGAGUUUGGCUGGGGCGGCCAAUCUGUUAAAAGAUAACGCAGGUGUCCUAAGAUGAGCUCAACGAGAACAGAAAUCUCGUGUGGAACAAAAGGGUAAAAGCUCGUUUGAUUCUGAUUUCCAGUACGAAUACGAACCGUGAAAGCGUGGCCUAUCGAUCCUUUAGACUUCGGAGUUUGAAGCUAGAGGUGUCAGAAAAGUUACCACAGGGAUUACUGGCUUGUGGCAGCCAAGCGUUCAUAGCGACGUUGCUUUUUGAUCCUUCGAUGUCGGCUCUUCCUAUCAUUGCGAAGCAGAAUUCACCAAGUGUUGGAUUGUUCACCCACCAAUAGGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUUAGUUUUACCCUACUGAUGACAGUGUCGCGAUAGUAAUUCAACCUAGUACGAGAGGAACCGUUGAUUCACACAAUUGGUCAUCGCGCUUGGUUGAAAAGCCAGUGGCGCGAAGCUACCGUGUGCCGGAUUAUGACUGAACGCCUCUAAGUCAGAAUCCAAGCUAGCAUGCGACGCCGCCCGCCGCCCGCCCCCAGAGGCCCGUGCCAUUGGCGCCGGUCCGGCCGAAGUGCCGCGGUCGGCCCAACGGGCGGUGGGAAUCCUUUGCAGACGACUUAAAUACGCGACGGGGCAUUGUAAGUGGCAGAGUGGCCUUGCUGCCACGAUCCACUGAGAUCCAGUCCCCGCGUCGCACGGAUUCGU
.((.(((((((((.((((((.((...(((((.....(...[..)......))).).).........((....))...((((.......(.]...)......))))...((((.-----(((((((((...))))))))).(((((.((((.(((((((.(((((((...({((((......)))))[[......(((....}]])))....)))))))...))))))).....)))))))).)....)....(((((((........))))))).....(((((..[[..[.)))))..)))..........((((((.((...............((....))....((......(..((((....))))............)(.....((((((((((.......((((((((((...((((((((((((..((((((.((((....)))).)))).))..)))).))))))))((((((.(((((.(((((((((.......(((((((.....)))))))......))))))))).))))).)(((((((....)))((((((....)))))).)))))))))))).))))))).....(((........))).((((((....((((((.((((((..((...((((((....))))))....))...(......)..(.((((.(.(.(((....))).).)..)))).).(((((((...(....)...)))).))).......)))))).))))))..((.(...((((((.....(((((((((..((((...(((((((....)))))))...).)))...(((..((.((........)))).)))....))))))))).(.((.......))...)..))))))......).))..((((((....(.((......)).)(.((((((..(((..((((((...(((((....(((..(.(((..(((((((..)))))))))).)..)))..)))))....))))))(((((((((((....)).))))))))).))..).))))))..)..((((.(((((.....))))).))))....(((......)))...(((((((...((([[[...(.((((((..................(((.((((((.(((.......(((((.(((...((.........))...))).....(....(......)..).)))))...))).)))))))))..........]]]......))))))))))...)))))))((((.(((()))).))))....))))))(.(((((((.-.(......(((-((((....)))))))....)..)))))))..).....))))))((......(.....((((((.......))))))(((((....((((..((..(((((((...((.....)).))))))....[[((((((...(((...(((....))).(((((....)))))...)))....)))..(((((........-)))))]]((((-((((.((((.((((....)))(...((.(((...((((.(((.(.(.(((((.((((...{.{.)))).)((..(.(.(.(......((.....(((.....)))......)-).....).).).)...))(((.((.....))))).)))).)...).))).))))(...)....))).))...))....))))-.)))))))).))).))).....((......)).))))..(((.....))))..))))..((((.....(((((((.((..(....(.......(((((....(.[..).....)))))(..(((((((((((.(((((((((((((((..(((..(((((((((((.((((((.((((((..(((((....)))))..)))))).)))))))).))))))..)))..))).))))))(((((....)))))))))))))).)))))..))))))..)(...).......(((((((((...((.........))...(((((((.....((......)).......)))))))--.].(((.(((..(((((..(..(((.....((((....)))).....)))).)))..)))))(((((.........)))))........((.(......).(((((.......)))))..)..)....))).----...)).))))))).)..))).)))))))..))))).....)).[..(((((.......])))))....(((((..(((.((......((((.((((((..(((((.(((.(((...(((((((((.(((((((.......[..((((...(((......)))..........]..)))).)))))))..)))))))))...(((((((((....((......)).-------------..((((((((...))))))))..)))))))))......))).)))..)))))...((......[))..((((((..........]))))))([((...(((((((.(.((((((.......))))))...).((][.[[[))....)))))))...(((..((((.......))))..))).(((....))).))]]].]...(.(((((..((((.]..]].)))).))))))...).....))))..)))))).......((.(.(.((((((...((.......))...))))))...)).).).......(((((.((((....(((.(.((........)).)...)))..((.(.....).))........)))..)...))).))....(((((((....))).))))....))..))).)))))....((((((...((((.(.(((((......(....).....))))).)(((((...((((...(((((-(((((}.}.)))))...)))))..))))..)))))..((....((((.............))))....))..)))).....))))))...((((((((((....(...)..(((......))).(((((((((((......)))).)))))))....))))))))))-((((.(..(.......)..).....((((((((.-.((....((((.(..(((((......)))))..)))))...)).------.)).))))))...))))...
>strand_C
GGAUGCGAUCAUACCAGCACUAAGGCAUCGGAUCCCGUCAGAACUCCGAAGUUAAGCGUGCUUGGGCGAGAGUAGUACAAGGAUGGGUGACCUCUUGGGAAGUCCUCGUGUUGCAUUCCC
((.((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))...).))))).)).((((.((....(.((((.((....)))))).)...)).)))).)))))).))..
>strand_B
CACACGACUCUCGGCAACGGAUAUCUCGGCUCUCGCAUCGAUGAAGAACGUAGCGAAAUGCGAUACCUGGCCCGUGAACCAUCGAGUCUUUGAACGCAAGUUGCGCCCGAGGCCACUCGGGCGAGGGCACGCCUGCCUGGGCGUCACGC
-----..)))))))))).....)))..))))))))..))......((((((........))).....(.(...........)..)...)))....(((...)))((((..(.((....)).)..)))).)))))))))))).))).)).